#生物碎碎念 #鳥類親緣 #演化 #巢的外型 #國家地理雜誌 #築巢離不開演化 #中研院
鳥類親緣與巢的外型有關嗎？
這個問題的答案終於在今年揭曉。中央研究院生物多樣性研究中心洪志銘與端木茂甯的團隊，與第一作者方怡婷在分析了242 科共超過7000 個鳥巢後，將巢的外型結構、所在位置、附著方式等特徵，與全球鳥類的親緣關係樹比對，發現鳥類的演化關係愈近，巢的外型結構就愈像。
研究團隊將鳥巢分為七種結構，並指出現代鳥類最近共同祖先的巢位，最有可能建在地上，而且沒有明顯結構，接下來才演化出平臺型與次級洞穴的鳥巢；初級洞穴較次級洞穴晚演化出來；杯碗型則是現代鳥類最常見的巢型。且鳥巢外型展現多元化的時間，恰與鳥類輻射演化事件的時間相符。
(本篇自製文章榮獲美國《國家地理》雜誌國際版編輯部的最佳編輯獎（BEST EDIT）)
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親緣關係樹 在 [求救] 有關分子演化分析的樹狀圖- 精華區Biotech 的推薦與評價
先附上這張演化樹!
問題是這樣的，因為自己是食品科學系，
目前在看paper時，發現對於演化樹概念了解不多，
紅色圈圈代表Bootsrap value ， 紅色長方框代表演化距離，
實際上 這兩個東西我查了一下資料，還是不太懂，
請問版上有沒有人可以跟我解釋一下~
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感謝x 大!
※ 編輯: TW185930 來自: 114.46.210.46 (08/05 01:15)
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作者: TW185930 (吱吱) 看板: Biotech
標題: Re: [求救] 有關分子演化分析的樹狀圖
時間: Wed Aug 7 22:32:47 2013
感謝 george104 與我討論，我將他的回答整理如下，方便以後版友可以了解
============================以下是解釋=======================================
Bootstrap value 是一種統計上的數值
代表著若將一堆物種的同源基因片段拿去跑親緣關係樹
你看到親緣樹上有 A B 兩個物種被分在一起
但你怎麼確定這樣的分法是真的??
這時 Bootstrap value 就是告訴你這種分法的可信度是多少
他的方法是 (這段就看你要不要了解)
從一組數條同源序列的資料中 (假設這組序列整理完後長度是 300 bp)
隨機選取當中一排序列 (他是垂直選取喔,那種感覺就像是你拿一根吸管插進一塊蛋糕)
組成一組同樣長度 300 bp 的"假資料", 之後再用這組資料繪製一棵虛擬的親緣樹
再來看這棵虛擬樹上, A B 兩物種是不是也會在一起
重複做個幾百幾千次, 在統計這幾百幾千棵虛擬樹中, A B 兩物種還在一起的樹有幾棵
之後就變成你所看到的 Bootstrap value
再來關於你說的演化距離, 他代表 A B 兩物種關係的程度為何
看法是看親緣樹上的水平距離, 垂直距離是沒有意義的
你所框起來的那個部分, 你可以想像他是一條比例尺
用來表示水平距離的長度大小
============================以下為問答整理============================
另外我還問了 g大 一些問題 ，整理如下:
1. 你看 紅色圈圈 的Bootstrap value是88 (這應該是指百分比)，
而下面卻有一個100，為什麼會這樣呢?為何不是 88 及 12呢?
Ans: 因為每個分支的統計結果都是獨立的, 不能加減乘除
畫個示意圖給你看, 假設有 A B C D E 五個物種, 他們的關係為
88 ------A
------l
100 l ------B
---------l
l l
l l 90 ------C
l ------l
l ------D
l
l
----------------------E
由圖我們可以看到 A B 物種的關係很近, bootstrap value = 88
C D 兩物種的關係很近, bootstrap value = 90
那相對 E 物種來說, A B C D 四個物種關係是最近的, value = 100
其實親緣樹的建構是一層一層的, 如果你看樹有點吃力的話
建議當你在看整棵樹的時候, 可以把他想像成 A-B 合體物種與 C-D 合體種
他們的關係是很靠近的, 有 bootstrap value = 100 去支持
這代表, 不管你做多少組"假資料", 所繪製出來的虛擬樹都是呈現相同的結果
然後你在一層一層的解析下去, 你就知道這個親緣樹要告訴你什麼了
2. 我想知道 怎麼判斷 A跟 B 是 在同一分支上呢? 是看序列的相似性還是?
我的意思是指
-----A
---- |
-----B
Ans:
其實是看你所用的同源基因片段序列片段的相似性
相似性越高, 當程式在運算時就越有可能將他們分在一塊
3. 演化距離怎麼看?
Ans:
畫個示意圖給你看, 假設有 A B C D E 五個物種, 他們的關係為
88 ------A
------l
100 l ------B
---------l
l l
l l 90 ------C
l ------l
l ------D
l
l
----------------------E
0.1
假設 演化距離 是 |-----|
==> 假如我想知道 A C 兩物種的關係有多遠
那他的演化距離就是標紅色的線條(就是我所謂的水平距離)加起來的長度
==============================以下是附註==============================
另外，最近狂犬病很夯，而防檢局也使用了分子演化分析來比較不同地區狂犬病毒的
親緣關係，然後剛好看到有一篇文章也在介紹 分子演化樹(又稱系統發育樹)
文章在此 https://0rz.tw/jMBrJ
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